故事敘述一對青梅竹馬的戀人：乙骨憂太與祈本里香原本約定好長大以後要結婚，並且要永遠再一起…。但里香卻在一場車禍中橫死，死後化為強大怨靈依附在乙骨身邊，為此所苦的乙骨，甚至一心求死。終於，在五條悟的帶領下，乙骨憂太進入咒術高專學習咒術，讓他結識了新同學：禪院真希、狗卷棘與熊貓，他漸漸打開心防並決定在這裡找到活下去的自信與解開里香詛咒的方法；另一方面，主張全面殲滅非術師的夏油傑宣布發動「百鬼夜行」，要在新宿與京都釋放出千隻詛咒。為此，咒術高專傾盡所有人力阻止夏油傑的野心，被捲入這場爭鬥中的咒術高專一年級生乙骨能否阻止夏油傑的野心並且順利地解開里香的詛咒？